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东京，米花町二丁目，阿笠博士家中——
咳咳，BGM响起！
我是高中生侦探工藤新一，当我跟青梅竹马的同学毛利兰一起到游乐园游玩时，却目击了黑暗组织的交易现场。当时我只顾着偷看交易，却忽略了从背后而来的另一个同伙。我被那个人强灌了毒药，等我醒来时……
我的身体已经缩小了！要是让他们知道工藤新一还活着，不但我的性命难保，还会危害到我周遭的亲人。在阿笠博士的建议下，我隐瞒了身份。当小兰问及我的名字时，情急之下，我化名为江户川柯南。为了搜集那些家伙的情报，于是便住进了父亲以侦探为业的小兰中。
但是这位叔叔却是个糊涂大侦探，看不下去的我于是便装成叔叔，利用我天生的推理能力解决了许多的悬疑案件。而叔叔也拜我所赐成了名号越来越响的大侦探。而我现在却变回了一个小学生，还被迫跟同班同学的步美、元太与光彦组成少年侦探团。
半个月前的一个雨夜，阿笠博士家门口突然出现了一个穿着过大不合身衣服昏迷着的国中生少女，就像当初的灰原一样。
当少女醒来后进行询问，并联系在组织潜伏着的水无怜奈进行确认后才得知，这个少女也是APTX4869的受害者。她是意大利军事安全情报局（SIS.MI）派到黑衣组织的卧底，在组织中代号为“玛尔戈（Margaux）”。因为一些原因被组织发现了真实身份，因此被喂下了毒药APTX4869以除掉。没想到，没有死亡反而身体缩小回十年前的样子这种极小概率的事情在她身上也发生了。
而她之所以会找到阿笠博士这里，就要牵扯到不久前在水族馆发生的库拉索事件了。
在那件事情之前的一天，玛尔戈曾与库拉索刚刚搭档完成一项任务，而库拉索在窃取间谍资料的当晚给朗姆发送短信时，选择接收人的时候不小心一并点上了朗姆下面的那个名字，最近与她联系频繁的玛尔戈，因此玛尔戈也收到了那条没有全部编辑完的短信。
第二天，当我们都围绕着库拉索对这件事情进行探查的时候，玛尔戈却是根据线索寻找库拉索的手机，最终找到了博士家中，并在暗中发现了博士修好手机后将那条短信编辑为“之前注意到的波本和基尔没有问题”，由此得知了波本和基尔也同为别的机构潜进组织的卧底。并且，随后她发现了与组织叛逃成员雪莉极为相似的灰原哀，因此心生疑惑。不过这一切，她都并没有上报给组织。
直到被喂下APTX4869发现身体缩小后，联想到之前见到的灰原，玛尔戈便明白了是怎么一回事，随即决定和当初的灰原一样来到阿笠博士这里寻求帮助。
身体虽变小，但头脑一样灵活，无所不知的名侦探，真相永远只有一个，这就是名侦——
咳咳，BGM，停！
摆放着早餐的餐桌上，上学前特意拐来阿笠博士家一趟的柯南看着对面坐着的国中生模样的混血少女。
说真的，他现在并不能轻易判断这个人究竟是敌是友，但有一点他是可以肯定的……
“嗯？早餐没有意大利面吗？”少女耷拉着一双死鱼眼，对着餐盘失望地叹了口气。
他可以肯定的是……她是个笨蛋。
“哪有日本人早餐会吃意大利面啊！”
……
恍恍惚惚地走出班主任办公室，清美一想到刚刚班主任那“我看好你哦！”的眼神就觉得头大……简而言之就是，从小跳级太厉害，没按照正常步骤按部就班地念过书怪她咯！
一脸郁闷地走到楼梯拐角处，正准备转进教室所在的那条走廊时……
“那个，浅川，我们……可以谈一下吗？”
声音怯怯的，带着几分试探。
清美抬起头，看向明显是事先在这里堵她的沢田纲吉。
“有什么事吗？”
对于这个目前在她心里好感度为负值的少年，清美并不想再同他有过多的交集，但出于大人不跟小屁孩儿计较的原则，还是耐下性子打算听听对方特意找她是想说什么。
“浅川，你……误会了，那天下午放学你看到的那个扎着两条辫子的女孩儿，我跟她不是那种关系。怎么说呢，大概就是，我一直把她当做我的妹妹看待……”
清美挑了挑眉，反倒问了个听起来有点跑题的问题：“她多大了，那个女孩儿？”